私はMovableType(以下MT)でのサイト構築経験は2回、Wordpress(以下WP)でのサイト構築は6回であり、両方をそれなりに使ったことがあることを前提に話をするので根拠はある程度保証します。
結論...
基本的な機能はほぼ同じ。強いて言うなら
ある程度WebリテラシーのあるクライアントにはWP、まったくならMT。
細かいこと言えば性能や拡張性はWPの方がはるかに優れている。これはWPのコアがPHPであるところが大きい。WPにはMTと同等のタグが存在し、かつ当然のごとく生のPHPコードが使える。
たとえばフッター部分のコピーライトに年号を付けることはよくあるが、
< ?php print(date("Y")); ?>
とか書いておけば、アクセスと同時にその年の年号が表示される。
他にもSQL構文も駆使すれば何でもできると思う。
さらにウィジェットを使えばクライアント側で再構築なしでレイアウトを自在に変え、Webサイトをイキイキとさせることが可能だ。ただこの機能はリテラシーの低いクライアント側の場合、情熱をもって説明しても結局使ってくれないことが多いので時間と労力の無駄になってしまう。
今度はMT。
MTがオープンソースにもなった今、何といっても日本語のドキュメントが多いことがMTの最大の利点に違いない。開発チームに日本人がいるということでかゆい所にも手が届く細かい設定が比較的簡単に行える。WPと違い純粋な静的HTMLを吐き出すので安定し、アクセス数の多いサイトにはもってこいだ。さらにMTをPHPにするTipsもあるのである程度融通が利く。
結局のところ、世界でWPがMTに勝ったのは事実だがその裏にはPHPブームとオープンソースブームの助けがあったからである。CMSとしての歴史の浅い企業サイトではこの定説は通用しない。特に日本では信頼というポイントでMTが優っている。おそらくこの状況は長く続くに違いない。
余談だが、自社内運用目的ならModxというオープンソースCMSが最強。間違いない。